Apesar de geralmente os Certificados de Incapacidade Temporária (CIT) terem um limite de 30 dias para cada prorrogação, existem algumas exceções para certas patologias, nas quais os limites temporais são diferentes:
- Patologia oncológica: 90 dias para o período inicial e para a prorrogação.
- Acidentes vasculares cerebrais: 90 dias para o período inicial e para a prorrogação.
- Doença isquémica cardíaca: 90 dias para o período inicial e para a prorrogação.
- Situações de pós-operatório: 60 dias para o período inicial e para a prorrogação.
- Situações de tuberculose: 180 dias para o período inicial e para a prorrogação.